先后承担国家自然科学基金重点项目1项、国家自然科学基金面上项目7项、科技部十一五“863”项目1项、浙江省自然科学基金人才培养专项1项、浙江省自然科学基金重点项目1项、中国航空科学基金2项、国家航空支撑APTD及A计划项目5项、中国商用航空发动机公司基础科研项目1项、国家教委与德国DFG国际合作项目1项、国家教委博士点基金1项、浙江省教委重点项目1项、国防军工项目若干项。在国内外学术刊物和国际学术会议上发表论文250多篇，其中有170多篇SCI、EI及ISTP收录，授权和申请国家专利40多项。开展的航空发动机转子系统减振器的研究1999年获教育部科技进步奖一项(三等奖第一名)。
     

1999年9月获教育部三等奖；

1996年6月获德国洪堡奖学金。

现任中国振动工程学会转子动力学专委会副主任、中国力学学会转子动力学专业组组长、中国机械工程学会磁悬浮专委会委员。《振动工程学报》及《航空动力学报》编委。国家自然科学基金数理学部会评专家，国家自然科学基金数理学部、工材学部机械及电工学网评专家，浙江省、北京市、安徽省、福建省、湖南省、湖北省、山东省自然科学基金网评专家，浙江省、福建省、江苏省、江西省科技计划网评专家，国家长江学者、千人计划、霍英东青年教师基金网评专家，科技部、教育部、全国工商联、浙江省科技进步奖评审专家。国内外力学、机械、电工、航空等专业40多份顶尖期刊审稿人。  

祝长生老师为浙江大学电气工程学院教授、博士生导师，也是江西省“双千计划”引进人才， 祝教授长期从事磁悬浮轴承、高速电机、高速飞轮储能系统、航空发动机转子动力学等跨电气、航空、控制学科的交叉研究工作。  以磁悬浮轴承为基础开展的高速电机及高速飞轮储能系统在国内处于领先地位，开展的电机振动与噪声的分析与控制研究为大中型船舶减振降噪提供了技术支持，开展的船舶推进轴系振动主动控制为先进船舶减振降噪提供了新的解决方案。